Tiền thân của VfL Wolfsburg là VfR Eintracht Wolfsburg, câu lạc bộ thành lập từ năm 1973 và là thành viên sáng lập giải vô địch bóng đá nữ Đức Bundesliga. Vào ngày 1/7/2003 đội chính thức liên kết với VfL Wolfsburg[1].

Mùa giải đầu tiên của họ với tên mới là mùa 2003-04, khi đó đội kết thúc ở vị trí thứ 8 tại giải vô địch quốc gia. Mùa giải tiếp theo Wolfsburg kết thúc ở vị trí 12 và phải xuống chơi ở giải hạng hai. Tuy nhiên họ ngay lập tức giành quyền lên chơi ở Bundesliga mùa 2005-06. Họ vươn lên vị trí thứ 5 vào mùa 2009-10, và nhờ sự đầu tư mạnh mẽ chỉ hai mùa sau trở thành á quân Bundesliga 2011-12.

Vào mùa giải 2012-13 Wolfsburg lần đầu tiên giành chức vô địch UEFA Women's Champions League.[2] Trước đó họ cũng lần đầu tiên vô địch Bundesliga.[3] Họ là đội bóng nữ Đức thứ hai sau 1. FFC Frankfurt hoàn tất cú ăn ba sau khi giành nốt cúp quốc gia nữ.[4] Họ cùng FC Bayern München (nam) giúp Đức trở thành quốc gia đầu tiên có cả đội nam và nữ có cú ăn ba trong cùng một mùa giải. Mùa giải sau đó (2013-14) họ trở thành câu lạc bộ nữ Đức đầu tiên bảo vệ thành công chức vô địch Champions League.